如果两个 DNA 分子对应位置上的碱基均为互补碱基对，那么强烈的氢键作用会使得这两个 DNA 分子相互结合，形成大家耳熟能详的双螺旋结构，从而让彼此都更加稳定,这是构成生命体的基础。那么，如果把其中的一条链“剪断“呢？显然，短链 DNA 分子会与长链中的对应区域形成双螺旋结构，长链 DNA 分子的其余部分则会留在在双螺旋结构的两侧。

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改变一下短链 DNA 分子的碱基序列，让它左右两部分的碱基序列分别与长链 DNA 分子上不同区域的碱基序列呈互补关系，这又会形成怎样的结构呢？由于长链 DNA 分子中两个区域被许多不相干的碱基隔开，导致长度上不匹配，短链 DNA 分子无法直接"凑上去"。但是，形成稳定的双螺旋结构的诱惑实在太大了，以至于长链 DNA 找到了一个变通的办法，那就是让自己"折"一下，将多余的那段碱基序列甩到外面。这样一来，就又可以顺利形成双螺旋结构了。

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由于DNA长链的合成难度大，用于折纸的DNA长链一般都是现成的，因此DNA 折纸设计就需要将所需的最终形状转化为给定长DNA链的折叠路线，并生成可以满足折叠的相应订书钉（短DNA链）序列。DNA折纸的设计依赖于软件的帮助，常用的软件有 Tiamat、SARSE-DNA、Nanoengineer-1、Hex-tiles、GIDEON、K-router 等，其中caDNAno是设计 DNA 折纸的最成熟和最常用的软件。

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订书钉链的获取是在前一步设计后根据设计好的序列来进行制取。用于DNA折纸的DNA长链（脚手架链）的选择取决于合成目标物的大小和复杂性，一般来说，脚手架链是从病毒的DNA中提取的，如从M13噬菌体中分离得到的m13mp18病毒基因组，长度为7249个核苷酸。

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原料准备完成后，将脚手架链与订书钉链（过量）放入Mg离子缓冲液中，使其进行依赖于碱基互补配对原则的自组装过程，而后便可得到粗产品，分离纯化后便可得到想要的结构。