物理-化学法—层层自主装
层层自主装技术是典型的物理-化学法，通过逐层交替沉积的各层间的相互作用力，使层与层自动叠加组装形成具有某种特定功能的分子聚集体或超分子结构的过程。自主装使结构完整，性能更稳定。Sarim等采用层层自主装对乳清分离蛋白中的第17乳杆菌包埋后极大地提高了乳杆菌的利用率。但此技术鲜有应用于食品制造的工业中的案例。
化学法—锐孔-凝固浴法
锐孔-凝固浴法利用化学反应，将壁材与芯材溶解均匀混合后借助注射器或滴管等装置滴入固化剂中，壁材在固化剂中迅速凝固化成膜形成微胶囊。此方法操作简单，成本低廉。王楠等以海藻酸钠和多孔淀粉为壁材，探究锐孔-凝固浴法制备精油微胶囊的最佳工艺条件，所得微胶囊产品的扫描电镜图显示其微观表面为较紧密的交联多孔结构。隋秀芳等以海藻酸钠为壁材，氯化钙为固化剂，获得蓝莓汁微胶囊具有破裂爆汁的口感及咀嚼性。
流化床包涂法
利用流化床悬浮包涂酶制剂也是微胶囊化酶的一种重要方法，它是一种适于将干燥酶颗粒微胶囊化的方法，而且容易得到干燥、自由流动的产品。史锋等通过流化床干燥法包涂颗粒酶，提高酶的耐热性，在制备过程中进风温度为40℃，酶活回收率达到90%以上；采用海藻酸钠作包被剂，随着海藻酸钠质量浓度的提高，酶的耐干热性先增加后降低，在0.4％最高，而其耐湿热性不断增强。
在其采用海藻酸钠作包被剂通过流化床包涂木聚糖酶的研究中，酶活能得到100％回收；随着包被剂用量的提高，木聚糖酶的耐热性基本不变，但其耐受高温水蒸汽的能力与对照组相比提高了一至两个数量级，其综合耐热机械性能也从1.6倍提高至3.7倍；对比不同包被剂对木聚糖酶的稳定化效果，发现羧甲基纤维素钠对酶粉的包被效果略好于海藻酸钠，多糖包被剂中复配蔗糖或硫酸铵能显著提高酶的耐热机械性能。苏东海等以多孔淀粉为载体，采用流化干燥法包被植酸酶，其制作过程是：将多孔淀粉置于沸腾干燥装置的流化床上，在一定的温度下沸腾0.5h，将一定浓度的酶液（含不同种类的糖）从沸腾装置的上方以高压气雾的方式喷到淀粉载体上，待其干燥后，将氯化钠盐溶液间歇式喷到载体上，待其干燥后，将包被剂（明胶、海藻酸钠）溶液喷到载体上，干燥到含水量5%左右即可。实验结果发现，在干热时随着明胶添加量的提高，剩余酶活开始没变化，随后略有下降，而海藻酸钠随着添加量的提高，剩余酶活呈下降趋势；但在湿热时随着包被剂的质量分数的提高，酶颗粒的耐湿热的能力都有提高的趋势，但明胶提高的幅度大于海藻酸钠的提高幅度，并且明胶的用量达1%以后提高的幅度变缓；优化条件为：酶液中蔗糖的添加量为40mg/g酶，氯化钠用量为淀粉质量的10%，明胶用量为淀粉质量的1.5%，产品包埋率为82.8%；
