磷脂与甘油三酸脂相类似:甘油分子也发生了三次酯化反应。两个羟基各与一个脂肪酸发生酯化反应，第三个羟基则与磷酸生成磷酸酯。

这个磷酸会与一些低级醇发生第二次酯化反应，如2-氨基-乙醇(1)，丝氨酸 (2)，胆碱(3)和肌醇(4)。

这样，这种分子结构也同样导致了分子一端为极性(蓝色)，另一端为非极性(黄色)。